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Les modes alimentaires du zooplancton sont très variables selon les différentes espèces.
Les cladocères, particulièrement les daphnies, jouent un rôle important dans la transparence de l’eau. Ce sont des brouteurs d'algues. En retirant une grande quantité d’algues et de bactéries en suspension dans l’eau, les cladocères la rendent plus claire et permettent une meilleure pénétration de la lumière.
VIDÉO - 0 min 30 s
Les daphnies filtrent environ 80 ml d’eau par 24 heures afin de se nourrir d’algues. Elles sont munies de 4 à 6 paires d’appendices thoraciques au sein de leur carapace.
Le battement rapide des appendices de la Ceriodaphnia crée un courant d’eau amenant la nourriture vers la bouche tout en permettant les échanges respiratoires. Seules les algues comestibles sont retenues. Les algues dont la forme est inappropriée (en bâtonnets,
en étoiles ou trop longues) sont rejetées.
Têtards
À leur tour, les cladocères serviront de nourriture pour de nombreuses espèces de poissons, d’organismes benthiques, d’insectes et d’amphibiens.
Certains rotifères (Asplanchna) sont des prédateurs. Ils s’attaquent à d’autres petits rotifères et à des unicellulaires pour se nourrir. D’autres rotifères filtrent l’eau pour s’alimenter. Les cils portés en couronne sur la tête servent à faire entrer l’eau afin de s’approvisionner en microorganismes et en particules. On observe aussi certaines espèces de rotifères parasitant des mollusques, des vers ou des crustacés.